Igreja Colonial Foto: Helder C Jr

Foi fundada em 1611 com o nome de povoado de Vila Madalena de Sumaúna. Servia para proteger o pau-brasil do contrabando e da ação de piratas e outros ladrões. O município foi criado em 1636, sendo a vila designada por Santa Maria Madalena da Lagoa do Sul. Em 1817 passou a capital da capitania de Alagoas, criada nesse ano, sendo o nome da vila alterado para Alagoas. Em 1823 foi elevada a cidade. A capital da província de Alagoas passou para Maceió em 1839. O nome da cidade foi alterado para o actual no ano de 1939, em homenagem ao marechal Deodoro da Fonseca, alagoano que foi o primeiro presidente da república do Brasil.

Em 16 de setembro de 2006, dia da emancipação política de Alagoas, foi considerada pelo Ministério da Cultura como Patrimônio Histórico Nacional, em virtude do seu passado e de ter sido berço do Marechal Deodoro da Fonseca, proclamador da República Brasileira.

Os vilarejos que compõem Marechal Deodoro são quatro, Barra Nova, Massagueira, Praia do Francês e Novo Lino. A Praia do Francês é um dos cartões postais mais conhecidos de Alagoas Atualmente o IPHAN está restaurando as igrejas de Marechal Deodoro